日経平均は続落。1日の米国市場ではハイテク株などが買われ、NYダウは35ドル高と小幅に続伸した。米国株が2日続けて上昇した流れを引き継ぎ、システム障害解消で取引再開された2日の日経平均は109円高からスタートすると、朝方には23365.58円（前日比180.46円高）まで上昇する場面があった。ただ、米国の追加経済対策を巡る協議への楽観ムードが後退するとともに伸び悩み、後場に入るとトランプ米大統領が新型コロナウイルスに感染したことも明らかとなって、米株価指数先物の急落とともに値を崩した。
大引けの日経平均は前日比155.22円安の23029.90円となった（なお、9月30日終値が前日終値として認定されている）。東証1部の売買高は14億8464万株、売買代金は2兆8642億円だった。業種別では、医薬品、鉱業、電気・ガス業が下落率上位だった。一方、銀行業、不動産業、情報・通信業が上昇率上位だった。
個別では、任天堂、富士通が2％超、ソニー、キーエンス、武田薬が3％超の下落。富士通は前日発生した東京証券取引所のシステム障害が嫌気されたようだ。業績観測が報じられたダイキンも材料出尽くし感から2％超下落。トヨタ自は小安い。また、日本エンターは決算が嫌気されて急落し、ハイアスなどとともに東証1部下落率上位に顔を出した。一方、日経平均への寄与が大きいソフトバンクＧやファーストリテ、通信のＮＴＴやソフトバンクが堅調。「5G（次世代通信規格）」携帯電話サービスを発表した楽天は4％近い上昇となった。米ファンドの支援受け入れを正式発表したレオパレス２１、決算が好感された西松屋チェなどは急伸し、フェリシモは買い気配のままストップ高比例配分となった。